.資金結構缺乏合理性。國家對糧食補貼各項資金投入的比例不盡合理。2012年，促進糧食增產具有較強效應的良種補貼和農機具購置補貼在補貼資金總額中所占的比重較小，分別只有16.25%和11.32%。促進糧食增產和農民增收效應較弱的糧食直補資金支出占11.58%、農資綜合補貼占62%。糧食補貼資金支出結構中，農資綜合直補資金投入增長過快，而生產性專項補貼資金的投入力度有待加大。

3.農民增收目標與糧食增產目標缺乏有效耦合。從長遠看，必須考慮到農業補貼所帶來的農產品結構性過剩、農業競爭力下降以及財政負擔重等現實問題。由于糧食增產和農民增收的目標之間缺乏有效耦合，雖然國家近幾年對種糧農民的補貼力度逐年加大，農民收入水平也有所提高，但糧食生產的比較效益低下，種糧農民與從事其他產業的農民之間的收入差距越來越大。這極大地影響農民的種糧積極性，危及到我國糧食的長期安全。

4.糧食補貼運行程序繁瑣，政策執行成本高。糧食補貼涉及財政、農業、糧食企業和金融等多個部門，各部門之間缺少必要的信息共享，造成人力、物力、財力的重復，降低了糧食補貼政策的效率。另外，糧食補貼種類繁多，對象分散，要想在規定的時間內，分文不差地發放到種糧農戶手中，任務之重、難度之大、政策執行成本之高，超出想象。

5.補貼對象缺乏針對性，補貼政策缺乏差異化?，F行糧食補貼基本以地區為主，同一地區補貼標準基本相同，類似于“普惠制”的補貼模式。這種補貼模式，實際上是把對糧食的補貼擴大為對整個農業的補貼，對種糧農民的“特惠”政策擴大為對全體農民的“普惠”政策，越來也接近于社會保障計劃，有悖于糧食補貼政策的設計初衷。同時，糧食補貼政策較少考慮到農戶的特征差異性，隨著農村勞動力轉移和土地流轉的加快，農戶糧食生產的預期目標也將產生差異化，是滿足家庭消費還是市場上銷售，從而對補貼政策的反應也存在明顯的差異。

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